Neben der Indikationsstellung zur Leberbiopsie (siehe auch Kapitel Diagnostik) benötigt die weitere Prozessierung große Sorgfalt. Unmittelbar nach Entnahme sollte die Leberbiopsie in neutralgepuffertes Formalin (6,25-10%iges Formalin, entsprechend 2,5-4%iges Formaldehyd in Phosphatpuffer, pH7) überführt und ausreichend lange (optimal über Nacht) fixiert werden [Schirmacher, P. et al. 2004], [Einaga, N. et al. 2017]. Hierdurch wird verhindert, dass Zersetzungsprozesse (z.B. Autolyse) stattfinden. Alle im Kontext der feingeweblichen Diagnostik notwendigen Untersuchungen können am formalinfixierten, paraffineingebetteten Biopsiegewebe durchgeführt werden. Zudem können aus diesem Material (bei entsprechenden differentialdiagnostischen Erwägungen) auch verlässlich Untersuchungen auf Nukleinsäureebene (DNA/RNA) erfolgen [Einaga, N. et al. 2017]. Entzündliche Manifestationen einer NASH sind nicht gleichmäßig im Lebergewebe verteilt, weshalb die Leberbiopsie das Risiko eines Stichprobenfehlers aufweist [Ratziu, V. et al. 2005]. Auch etwaige komorbide Konstellationen (z.B. primär biliäre Cholangitis) können heterogen und segmental manifestiert sein. Insofern sollte histologisch eine ausreichende Anzahl an Schnittstufen (mind. 8) untersucht werden.
Die Leber verfügt über ein begrenztes Spektrum auf Schäden zu reagieren. Daher können histologisch ähnliche oder gleichartige Schädigungsbilder durch unterschiedliche Ursachen bedingt sein (z.B. ALD vs. NAFLD). Für die optimale Interpretation der Leberbiopsie ist daher die Kenntnis aller relevanten klinisch-anamnestischen Angaben sowie (angepasst an die differentialdiagnostische Fragestellung) relevanten serologischen Parameter wesentlich. Hierzu hat sich ein strukturierter Begleitschein für Leberbiopsien bewährt (siehe Begleitschein Leberbiopsie: Histologische Untersuchung von Leberbiopsie).
In manchen Situationen kann die Entnahme eines zusätzlichen Biopsiezylinders mit Fixation in Glutaraldehyd (insbesondere hereditäre/kindliche Lebererkrankungen) für eine elektronen-mikroskopische Untersuchung oder als natives Trockenpräparat (z.B. quantitative Kupferbestimmung) sinnvoll sein.